Une des premières initiatives du Centre sera de réunir à Genève, le 12 décembre 1950, en application d’une proposition faite par le Prix Nobel de physique Louis de Broglie lors de la Conférence de Lausanne, des représentants d’Instituts de recherche nucléaire de six pays ainsi que des représentants de l’UNESCO. Une des résolutions adoptées lors de la Conférence de Lausanne chargeait le futur Centre de «mettre à l’étude la création d’un Institut de Science Nucléaire orienté vers les applications de la vie courante». Dès son établissement, la Commission de coopération scientifique du Centre Européen de la Culture, présidée par Raoul Dautry, administrateur général du Commissariat français à l’énergie atomique, se mit au travail. Le physicien Pierre Auger y joua un rôle important. La tâche était exemplaire des idées de subsidiarité et d’intégration fonctionnelle par «spillover» (pratiquée à la même époque par Jean Monnet pour créer la Communauté Européenne du Charbon et de l’Acier): il s’agissait de constater que les différents pays n’avaient pas individuellement les ressources pour développer cette nouvelle source d’énergie à l’instar des États-Unis ou de l’URSS; il fallait donc impérativement organiser la coopération et l’institutionnaliser pour rattraper le retard et éviter la fuite des cerveaux. Ces défis restent présents aujourd’hui dans le domaine des nouvelles technologies de l’information et de la connaissance. La réunion du 12 décembre 1950 organisée par le Centre Européen de la Culture permit de dégager les traits de la mission du futur CERN et de dégager les critères devant guider le choix de son futur lieu d’implantation. Elle suggéra également que l’UNESCO prenne en main les premières étapes de réalisation, en réunissant notamment les gouvernements intéressés C’est ainsi que l’année suivante, en 1951, l’UNESCO soumit un projet de Laboratoire de recherches nucléaires devant être construit à Genève. Une Conférence intergouvernementale aboutit à la décision finale, le 15 févier 1952, de créer le «Conseil Européen de Recherche Nucléaire» (CERN) regroupant à l’origine onze États.

Dès 1949, le Bureau d’études pour la création du Centre Européen de la Culture avait pris la responsabilité de réunir à Genève des représentants des tout premiers Instituts universitaires ayant pour mission d’étudier l’Europe et de former les futures élites européennes. Plusieurs réunions du même type eurent lieu par la suite, démontrant la nécessité de telles rencontres, et une Association des Instituts d’Études Européennes (AIEE) fut créée en 1951, son secrétariat étant assuré par le Centre Européen de la Culture. L’AIEE publia régulièrement un Annuaire relatant l’activité des divers Instituts d’Études Européennes et Centres de recherches (cours, colloques, conférences, recherches, publications, etc…), instrument d’information précieux à l’époque, ainsi qu’une première Bibliographie européenne (consignant les travaux sur l’Europe) en 1954.

En 1957, le rôle du secrétariat établi à Genève fut renforcé et un nouveau Secrétaire général fut nommé, Dusan Sidjanski, qui occupa cette fonction jusqu’à la cessation des activités de l’AIEE à la fin des années 1980. À la même époque fut organisé un colloque avec l’Association des universitaires d’Europe débouchant sur des propositions de création d’Instituts post-grade consacrés exclusivement à l’étude de l’Europe et de la construction européenne. Les contributions, qui furent publiées dans le Bulletin du Centre Européen de la Culture en 1958 sous le titre «Vers une université européenne?», alimentèrent un type de réflexion qui devait notamment conduire à la création en 1976 de l’Institut Universitaire Européen de Florence. L’AIEE et le Centre collaborèrent à maintes reprises, notamment en organisant des colloques en commun dont les contributions furent publiées dans le Bulletin du Centre. C’est ainsi qu’une partie significative de la réflexion qui fut conduite à partir de 1967 et 1968 sur le thème de l’Europe des Régions et de la Fédération européenne l’a été avec l’AIEE et sa capacité à mobiliser un réseau d’universitaires de différents pays. Il en a été de même pour les études qui ont été menées sur les régions transfrontalières et leur impact sur la construction européenne (ainsi un colloque sur «Les régions transfrontalières et l’Europe» de janvier 1975, publié dans le Bulletin l’année suivante). On mentionnera également le colloque sur Les politiques régionales en Europe en 1982 qui a donné lieu à une publication sous la direction de Dusan Sidjanski et Charles Ricq. La collaboration avec l’AIEE, de même qu’avec le Département de science politique de l’Université de Genève dirigé par le Professeur Dusan Sidjanski, s’est étendue également à la science politique appliquée à la construction européenne (Science politique et intégration européenne, 1965; Méthodes quantitatives et intégration européenne, 1970) et à l’examen des propositions fédéralistes émises au sein de la Communauté Européenne à l’occasion

Denis de Rougemont était persuadé que pour faire l’Europe, il est essentiel de former des Européens, d’authentiques citoyens européens. Or, après la deuxième Guerre mondiale, il constatait que les programmes notamment d’histoire et d’enseignement civique dispensés dans les écoles et les collèges demeuraient surtout nationaux, avec parfois des relents de nationalisme. Ils visaient ainsi à former des citoyens nationaux, pas des citoyens européens. C’est pourquoi le Centre développa dès les années 1950 plusieurs initiatives pour contrer cette tendance néfaste à la construction européenne. En 1956 commencèrent ainsi des expériences-pilotes d’éducation européenne destinées à former les enseignants aux questions européennes et à l’histoire commune des Européens. Ces expériences se déroulèrent dans de nombreuses villes de l’ouest de l’Europe, notamment en France, en Italie et en Suisse. En termes de contenu, elles ont pu s’appuyer sur deux numéros spéciaux du Bulletin du Centre Européen de la Culture : «L’Europe s’inscrit dans les faits» (1956) qui relatait les débuts de la construction européenne (80.000 exemplaires, traduit en sept langues), et «Pour une Éducation européenne» (1957) qui expliquait la démarche. En 1958, le Centre s’allia à l’Association Européenne des Enseignants pour rédiger un Guide européen de l’enseignant (90.000 exemplaires, disponible en quatre langues), suivi en 1960-61 d’un Guide européen de l’instruction civique. En 1961 fut lancée une vaste Campagne d’éducation civique européenne qui devait durer jusqu’en 1974. Elle fut décidée lors d’un colloque organisé en mai 1961 au Centre, durant lequel fut constaté «l’état retardataire et démodé de l’instruction civique dans presque tous nos pays, mais encore la quasi-inexistence de perspectives européennes de cet enseignement». Une enquête sur l’état de l’instruction civique dans dix-neuf pays fut réalisée l’année suivante. Puis des stages de formation européenne d’enseignants furent peu à peu organisés au cours des années qui suivirent dans la plupart de ces pays (en tout, pas moins de 32 stages furent mis sur pied), tandis que le Centre ouvrait dans ses locaux de Genève un Centre Européen de Documentation Pédagogique. De 1992 à 1997, cette activité a été reprise par le Centre, cette fois-ci sous forme d’Euro-Ateliers organisés sur les questions européennes dans plusieurs régions de la Suisse et avec pour participants des jeunes de 16-18 ans. Au début des années 2000, l’Institut Européen de l’Université de Genève s’inspirera des Euro-Ateliers pour lancer dès 2004 une plate-forme baptisée «Eurocité» d’information sur l’Europe utilis

En 1953, la construction européenne est à un tournant, puisqu’il s’agit à l’époque de la doter d’une communauté de défense (projet de traité CED) ainsi que d’une union politique. Le Centre apporte sa contribution en réunissant un groupe de personnalités, au nombre d’une vingtaine, qui s’appellera le Groupe des Vingt. Parmi ses membres: Salvador de Madariaga, Raymond Aron, l’essayiste et prospectiviste français Bertrand de Jouvenel, le Recteur du Collège de Bruges Henri Brugmans, le juriste français Georges Vedel, le juriste et homme politique belge Fernand Dehousse, le sociologue et homme politique belge Henri Janne, le publiciste allemand et historien du nazisme Eugen Kogon, l’organisateur du Congrès de La Haye le Polonais Jozef Retinger… Le groupe se réunit régulièrement pendant plus d’une année et publie périodiquement le fruit de ses réflexions dans une brochure éditée par le Centre et intitulée Le Courrier fédéral, dont six numéros paraîtront entre avril 1953 et mai 1954. L’activité prit fin après le refus du traité CED par le Parlement français en août 1954. Peu de temps après, le Centre conduisit une initiative du même ordre avec cette fois-ci un groupe d’une vingtaine d’économistes originaires de sept pays, ayant pour mission de réfléchir aux moyens d’intégrer les économies européennes en créant notamment un grand Marché sans frontières. Leurs travaux seront publiés à Paris (chez Plon) dans un livre intitulé Demain l’Europe sans frontières? paru en 1958, l’année même où était lancé le Marché commun entre les six pays fondateurs de l’Union Européenne que nous connaissons aujourd’hui. Trois Bulletins du Centre témoignent également de ces activités : «L’Europe s’inscrit dans les faits» (1956), «Promesses du Marché commun» (1957), ainsi qu’une présentation sous forme de «questions-réponses» des deux traités de Rome CEE et Euratom (1958). En 1976, le Centre constitua un groupe de réflexion, baptisé «Groupe Cadmos», formé de quatorze personnes issues de plusieurs horizons et disciplines académiques afin d’effectuer un état des lieux complet de la construction européenne et de proposer un certain nombre d’orientations pour l’avenir. Le fruit de ces réflexions, dont Denis de Rougemont assuma la rédaction finale, fut publié en 1979 à Paris, chez Stock, sous le titre «Rapport sur l’état de l’Union de l’Europe». Dans cette même lignée, au moment des débuts du Traité de Maastricht et dans la perspective d’un futur élargissement vers l’Europe centrale et orientale, le Centre organisa en avril 1994 les premières «Rencontres Denis de Rougemont» sur le thème «Où en est l’Europe aujourd’hui?», dont il publiera les Actes l’année suivante.

À partir de 1956, le Centre a lancé un travail de réflexion sur les conséquences de la «révolution» cybernétique et de l’automation sur l’économie, l’emploi, les loisirs, ainsi que l’équilibre humain et social en général. Le Bulletin du CEC publiera «Automation et Cybernétique» en 1958 et «Éducation et Loisirs» en 1959. Plus tard, la réflexion s’est concentrée sur les questions de temps libre et d’emploi, avec notamment un numéro de la revue du Centre, Cadmos, consacré au thème Emploi-chômage-loisir en 1985, coordonné par Raymond Racine. Les travaux se sont poursuivis avec la constitution d’un groupe plurinational d’économistes et de sociologues qui ont publié L’Europe au-delà du chômage en 1992 aux Presses interuniversitaires de Bruxelles.

À partir de la deuxième moitié des années 1960, les régions vont occuper une place grandissante dans la pensée de Denis de Rougemont et dans les activités du Centre. Il s’agit de redéfinir l’approche de la Fédération européenne pour y incorporer le fait régional, qui est très important en particulier parce qu’il rapproche l’Europe du citoyen et qu’il est porteur de nouvelles formes d’engagement civique. En outre, les régions transfrontalières qui apparaissent au même moment – notamment à Bâle et à Genève – fournissent l’occasion d’expériences concrètes permettant de tirer des leçons sur les relations nouvelles qui s’établissent entre Europe et Régions. Entre 1967 et 1975, cinq Bulletins du Centre seront consacrés entièrement au thème de l’Europe des Régions, c’est-à-dire des Régions directement conçues dans le cadre de la Fédération européenne, deux de ces Bulletins ayant plus spécialement pour sujet les régions transfrontalières (une réunion organisée à Strasbourg avec le Conseil de l’Europe en 1972 et un colloque avec l’AIEE en 1975). En 1982 est organisé au Centre un Colloque international sur «Les politiques régionales en Europe», qui sera publié en 1985 chez L.E.P. à Lausanne sous la direction de Dusan Sidjanski et de Charles Ricq, responsable des études régionales au Centre.