À la fin de la deuxième Guerre mondiale, de nombreux mouvements prônant une Union de l’Europe destinée à installer dénitivement la paix sur le continent se mettent en place. Ils agissent le plus souvent en dehors des gouvernements, avec pour objectif de leur «forcer la main». C’est dans cette mouvance qu’a lieu un événement particulièrement important: le Congrès de l’Europe qui réunit à La Haye du 7 au 10 mai 1948 environ 800 délégués d’une vingtaine de pays, surtout d’Europe occidentale (étant donné le contexte de l’époque), sous la Présidence de Winston Churchill, ancien Premier Ministre britannique. Le Congrès organise ses travaux en trois commissions: une commission politique, une commission économique, une commission culturelle. Le rapporteur de cette dernière est l’écrivain suisse Denis de Rougemont (1906-1985), réfugié aux États-Unis durant la guerre et déjà célèbre notamment pour son livre L’ Amour et l’Occident publié à Paris en 1939. La résolution culturelle du Congrès, adoptée à l’unanimité en séance plénière le 10 mai 1948, prévoit notamment de travailler à la création d’un «centre européen de la culture».
En 1957, le rôle du secrétariat établi à Genève fut renforcé et un nouveau Secrétaire général fut nommé, Dusan Sidjanski, qui occupa cette fonction jusqu’à la cessation des activités de l’AIEE à la fin des années 1980. À la même époque fut organisé un colloque avec l’Association des universitaires d’Europe débouchant sur des propositions de création d’Instituts post-grade consacrés exclusivement à l’étude de l’Europe et de la construction européenne. Les contributions, qui furent publiées dans le Bulletin du Centre Européen de la Culture en 1958 sous le titre «Vers une université européenne?», alimentèrent un type de réflexion qui devait notamment conduire à la création en 1976 de l’Institut Universitaire Européen de Florence. L’AIEE et le Centre collaborèrent à maintes reprises, notamment en organisant des colloques en commun dont les contributions furent publiées dans le Bulletin du Centre. C’est ainsi qu’une partie significative de la réflexion qui fut conduite à partir de 1967 et 1968 sur le thème de l’Europe des Régions et de la Fédération européenne l’a été avec l’AIEE et sa capacité à mobiliser un réseau d’universitaires de différents pays. Il en a été de même pour les études qui ont été menées sur les régions transfrontalières et leur impact sur la construction européenne (ainsi un colloque sur «Les régions transfrontalières et l’Europe» de janvier 1975, publié dans le Bulletin l’année suivante). On mentionnera également le colloque sur Les politiques régionales en Europe en 1982 qui a donné lieu à une publication sous la direction de Dusan Sidjanski et Charles Ricq. La collaboration avec l’AIEE, de même qu’avec le Département de science politique de l’Université de Genève dirigé par le Professeur Dusan Sidjanski, s’est étendue également à la science politique appliquée à la construction européenne (Science politique et intégration européenne, 1965; Méthodes quantitatives et intégration européenne, 1970) et à l’examen des propositions fédéralistes émises au sein de la Communauté Européenne à l’occasion